酵素学。タンパク質鎖内のペプチド結合の加水分解を触媒する酵素。主に触媒メカニズムにより分類される。セリンタンパク質分解酵素（例：トリプシン、プラスミン、トロンビン）、システインタンパク質分解酵素（例：パパイン）、アスパラギン酸タンパク質分解酵素（ペプシン）、金属タンパク分解酵素（コラゲナーゼ）がある。
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